סילבוס: ביוסטיסטיקה והשימוש ב R

מרצה: דקלה גבע -Diklah.Geva@gmail.com

מספר הקורס: 43401

נקודות זכות: 3 שעות: 2 הרצאה, 2 תרגיל דרישות קדם: ללא

מטרת הקורס:

1) מבוא לביוסטטיסטיקה ככלי שימושי למחקר-הקליני/אפידמיולוגי/ביוטכנולוגי

2) רכישת מיומנות בניתוח נתונים והצגת התוצאות. -הקניית ידע והבנה במודל הרגרסיה. -פיתוח יכולת יישום השיטות במחקר קליני אפידמיולוגי ביוטכנולוגי -רכישת מיומנות בניתוח נתונים בתוכנה סטטיסטית- R

אופי הקורס:

  1. הרצאות פרונטליות ותרגול, קריאה בבית, תרגילי-בית.

  2. אין להוציא טלפון בזמן השיעור! כל הטלפונים מכובים ובתיקים – שימוש בטלפון סלולרי בזמן השיעור יגרור הורדת ציון!

  3. אין לאכול בזמן השיעור!

דרישות הקורס:

  1. נוכחות בשעורים (לפחות 80% מההרצאות). חובת נוכחות במפגשי הצגת העבודות בכיתה

  2. השתתפות בסדנאות ובפתרון התרגילים בכיתת מחשב

  3. הגשת תרגילים- 3 תרגילי ביית המהווים 30% מהציון הסופי בקורס. יש להגיש את התרגילים עד השיעור העוקב לנתינתם. תרגילים שלא יוגשו במועד לא יבדקו.

  4. הגשת תרגיל מסכם- הכולל ניתוח נתונים ממחקר וסיכומם -60% מהציון הכולל

  5. הצגה בכיתה- של התרגיל מסכם. הנחיות מפורטות יינתנו במהלך הקורס 10%.

  6. תרגיל המסכם והצגה בכיתה יעשו בזוגות או שלישיות.

  7. ציון מינימלי למעבר הקורס – 70.


נושאי הקורס:

1. הכרות עם סביבת עבודה R ו R-Studio -נתונים.

מקורות לעזרה, שימוש בR כמחשבון, ולתכנות. סוגי משתנים: קריאת קבצים וביצוע המרות. תרגיל כיתה-1 תרגיל-בית-1

2. חוק הגבול המרכזי - הסקה ומבחן t.

תרגיל כיתה-2 CLT מבחן t מבחן על ממוצע אחד. שני ממוצעים ומבחן מזווג,
מתאמים’ CONFIDENT INTERVAL 95% תרגיל כיתה- CI95% and ttets תרגיל כיתה - תיאור הנתונים עם BOXPLOT
תרגיל-בית-2

3. .רגרסיה לינארית ורגרסיה מרובה

Forest Plot, INTERACTIONS ,ANOVA תרגיל כיתה – Lm(), Forest plot, predicted values

4. נתונים קטגוריאלים:

רגרסיה לוגיסטית רגישות וסגוליות, ROC מבחן 2χ תרגיל כיתה: glm(), Forest plot, predicted values תרגיל-בית 3

5. נתוח הישרדות:

KAPLAN MEIER רגרסיה סיכון יחסי של קוקס Surv(), km

6. סדנא לקראת פרויקט מסכם
7. מצגות סטודנטים


ספרות מומלצת:

• DALGAARD, Peter. Introductory statistics with R. Springer, 2008 (ISR)

• ZAR, Jerrold H. Biostatistical analysis, 4/e. Pearson Education India, 1999

• ALTMAN, DG. Practical statistics for medical research. Vol. 12. CRC Press, 1991.‏

• FARAWAY, Julian J. Linear models with R. CRC Press, 2004

• Clinical Trial Data Analysis Using R Ding-Geng (Din) Chen, Karl E. Peace Chapman & Hall/CRC , 2011

• Quick-R web site: http://www.statmethods.net/index.html

• KABACOFF, Robert I. R in Action, Data Analysis and Graphics with , Second edition

• Video explaining R : http://www.r-bloggers.com/google-developers-r-programming-video-lectures/


סוף מעשה במחשבה תחילה:

"כדי להבין את מחשבותיו של האלוהים עלינו לדעת סטטיסטיקה, משום שזהו כלי המדידה של כוונותיו" – פלורנס נייטינגייל

בהעדר הבנה סטטיסטית טובה לא ניתן למקסם את המשאבים הנתונים ואפשר לפספס תוצאה טובה מניסוי. בקורס זה נבנה את ארגז הכלים הסטטיסטי הדרוש להבנה,תכנון וסיכום ניסויים קליניים. הקורס מתאים לחוקרים בתחום ביוטכנולוגיה המעוניינים לא רק להקשיב להרצאות תאורטיות אבל גם לצבור ניסיון בניתוח סטטיסטי ובניית המודל מתאים ביותר למחקר. בהקדמה נציג עקרונות סטטיסטיים בסיסיים ומשם נמשיך להכרות שיטתית עם מודלים סטטיסטים נפוצים ומבחנים לבדיקת מובהקות ועוצמה. המשתתף ילמד לנהל את סט הנתונים מהמחקר ולהריץ מודלים בתוכנה חופשית ומעולה – R. הקורס מלווה בהתנסות במבחר רב של דוגמאות, דגש על מודל הרגרסיה: ליניארית, לוגיסטית וקוס. בקורס זה נעקוב אחר פרקים רלוונטיים מהספר: • DALGAARD, Peter. Introductory statistics with R. Springer, 2008 (ISR)